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骨肉瘤細(xì)胞環(huán)狀RNA差異表達(dá)分析

陳高揚(yáng); 王慶宇; 李照彥; 楊麒巍; 杜珍武; 張桂珍; 宋旸 吉林大學(xué)第二醫(yī)院骨科醫(yī)學(xué)中心; 長春130041
  • 環(huán)狀rna
  • 骨肉瘤
  • 表達(dá)譜
  • 生物信息學(xué)分析

摘要:目的骨肉瘤是一類發(fā)生于骨間葉組織的惡性腫瘤,惡性程度高。當(dāng)前其發(fā)病的具體分子機(jī)制尚不明確且受多種因素影響。環(huán)狀RNA(circRNA)已被證實(shí)在多種疾病中發(fā)揮重要的調(diào)控作用,可以通過分子海綿機(jī)制吸附miRNA進(jìn)而調(diào)控關(guān)鍵基因表達(dá)。本研究擬通過查找骨肉瘤circRNA表達(dá)譜芯片,并分析差異表達(dá)circRNA及其潛在調(diào)控機(jī)制,預(yù)測其在骨肉瘤發(fā)生發(fā)展過程中的作用。方法通過GEO數(shù)據(jù)庫查找circRNA芯片表達(dá)譜,通過GEO2R對芯片進(jìn)行差異表達(dá)分析,對篩選出的上調(diào)和下調(diào)表達(dá)最明顯的circRNA各5個做內(nèi)源競爭性RNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)圖,預(yù)測出潛在靶mRNA,并應(yīng)用生物信息學(xué)分析方法分析了這些靶mRNA的功能富集情況。結(jié)果在骨肉瘤circRNA表達(dá)譜芯片(GSE96964)結(jié)果中,有110個明顯差異表達(dá)的circRNA,包括8個明顯上調(diào)和102個明顯下調(diào)的circRNA,通過位點(diǎn)預(yù)測網(wǎng)站,在5個上調(diào)最明顯的circRNA下游預(yù)測出127個mRNA,5個下調(diào)最明顯circRNA下游預(yù)測出158個mRNA。OMICSbean分析結(jié)果顯示,這些基因所富集的通路與骨肉瘤的發(fā)生發(fā)展有密切關(guān)系。結(jié)論本研究篩選出的110個明顯差異表達(dá)circRNA不僅可以作為骨肉瘤診斷與治療的分子標(biāo)志物,而且在骨肉瘤的發(fā)生發(fā)展過程中有潛在的調(diào)控作用。

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中國體視學(xué)與圖像分析

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