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大黃魚(yú)雌雄性腺長(zhǎng)鏈非編碼RNA的挖掘與差異分析

王偉佳; 韓兆方; 李完波; 王志勇 集美大學(xué)農(nóng)業(yè)農(nóng)村部東海海水健康養(yǎng)殖重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 福建廈門361021; 青島海洋科學(xué)與技術(shù)試點(diǎn)國(guó)家實(shí)驗(yàn)室; 海洋漁業(yè)科學(xué)與食物產(chǎn)出過(guò)程功能實(shí)驗(yàn)室; 山東青島266071
  • 大黃魚(yú)
  • 性腺
  • lncrna
  • 性別分化

摘要:為探究長(zhǎng)鏈非編碼RNA在大黃魚(yú)性腺發(fā)育與分化中的作用,從雌雄各3尾大黃魚(yú)(Larimichthys crocea)的性腺中提取總RNA,進(jìn)行去除rRNA的鏈特異性轉(zhuǎn)錄組建庫(kù)和二代測(cè)序。將測(cè)序數(shù)據(jù)比對(duì)到大黃魚(yú)參考基因組,經(jīng)比對(duì)、組裝共得到來(lái)自31675個(gè)基因的66088個(gè)轉(zhuǎn)錄本,嚴(yán)格篩選得到來(lái)自3984個(gè)基因位點(diǎn)的5162條lncRNA。進(jìn)一步分析獲得了在大黃魚(yú)雌雄性腺中差異表達(dá)的mRNA 9341個(gè),lncRNA 2782個(gè),高度相關(guān)的lncRNA-mRNA對(duì)1227個(gè);有多個(gè)lncRNA靶向已知的性別分化和發(fā)育相關(guān)基因,其中l(wèi)ncRNA MSTRG.24346與大黃魚(yú)的性別決定候選基因dmrt1距離相近,且相關(guān)性極顯著。該研究表明lncRNA可能在大黃魚(yú)性別分化中起到重要作用,值得深入研究闡明機(jī)制。

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