首頁(yè) > 期刊 > 自然科學(xué)與工程技術(shù) > 農(nóng)業(yè)科技 > 林業(yè) > 林業(yè)科學(xué)研究 > 基于RAD高通量測(cè)序探討中國(guó)85種杜鵑花屬植物的分類 【正文】
摘要:[目的]探討RAD-seq技術(shù)在中國(guó)杜鵑花復(fù)雜類群分類與物種界定方面的優(yōu)勢(shì)。[方法]本研究對(duì)杜鵑花屬85個(gè)種進(jìn)行了RAD-seq測(cè)序,評(píng)估了數(shù)據(jù)的基本特征;同時(shí),以馬纓杜鵑基因組作為參考,獲得高質(zhì)量SNP位點(diǎn),并進(jìn)一步通過(guò)ADMIXTURE、PCA、GCTA及FastTree軟件對(duì)其進(jìn)行基因分型、聚類與系統(tǒng)樹構(gòu)建。[結(jié)果]本研究中85份材料比對(duì)至馬纓杜鵑的平均比對(duì)率87.52%,在參考基因組上的平均覆蓋度為5.21%,最終獲得了620371個(gè)SNP位點(diǎn)。基于PCA、Structure聚類及系統(tǒng)發(fā)育樹的分析結(jié)果,本研究支持目前在亞屬水平(杜鵑亞屬、常綠杜鵑亞屬、馬銀花亞屬、羊躑躅亞屬、映山紅亞屬和長(zhǎng)蕊杜鵑亞屬)的形態(tài)學(xué)分類處理,并突出了鱗片在杜鵑屬植物分類中的重要作用。[結(jié)論]RAD-seq數(shù)據(jù)產(chǎn)生的大量SNP位點(diǎn)可區(qū)分杜鵑花亞屬和組內(nèi)的大部分物種,說(shuō)明其在復(fù)雜類群分類與物種界定方面具有可行性。
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主管單位:國(guó)家林業(yè)和草原局;主辦單位:中國(guó)林業(yè)科學(xué)研究院
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