科學出版社由中國科學院主辦，為適應社會主義市場經濟，在組織結構、選題結構、市場結構、經營管理機制等方面進行大幅度的調整。

科學出版社領導班子始終清醒地認識和把握正確的出版方向，在制訂發展戰略中，一直把主攻高層次學術專著、基礎理論、國家重大項目、基本資料和社會公益性圖書放在首要位置。一方面在人力、財力、物力各方面給予保證，另一方面根據科研、教育、生產和人才培養需要，及時開發和推出一批批為科學研究基地服務、為發展高技術產業基礎服務、為培養人才服務的具有先進水平的專著、基礎理論、高技術與應用技術的系列圖書。

公司始終堅持“專業化、精品化、系列化”的出版理念，高度重視重大重點出版工程建設，入選國家出版基金項目42項；入選國家科學技術學術著作出版基金項目占總數的一半以上；入選“十二五”國家圖書重點出版規劃項目90個、“十三五”國家重點圖書出版規劃項目70個；入選“三個一百”原創出版工程15種；等等。公司入選各類出版基金和部級規劃項目的數量均在全國出版社中位列前茅。

公司榮獲各類部級出版榮譽的數量也在全國出版社中位居前列：1993年榮獲國家首批“全國優秀出版社”稱號；自1997年以來，公司共有12項圖書及成果先后榮獲國家科學技術進步二等獎（科普類）；自2006年中國出版工作者協會啟動中華優秀出版物獎評選以來，公司在6屆評選中共有9項圖書獲獎；自2007年國家新聞出版廣電總局啟動中國出版政府獎以來，公司共獲得先進出版單位獎、圖書獎、期刊獎等各類榮譽28項，其中圖書獎14項；2009年榮膺“全國百佳圖書出版單位”稱號；2012年，公司被、文化部、廣電總局、新聞出版總署四部委聯合授予“全國文化體制改革工作先進單位”光榮稱號；自2012年以來，公司連續多年被首都精神文明建設委員會授予“首都文明單位”稱號。

公司還擁有一個高水平、高質量、多品種的期刊方陣，2019年，公司年出版期刊347種，其中英文期刊131種，被SCI（《科學引文索引（ScienceCitationIndex）》）收錄53種、被EI（《工程索引（EngineeringIndex）》）收錄50種，有14種位于國際同類期刊Q1區。其中，《中國科學》、《科學通報》系列（簡稱“兩刊”）中英文17種期刊，是在中國科學院學部平臺上運作和管理的高水平學術期刊，是我國自然科學期刊中的知名品牌，曾獲得第一、二、三屆國家期刊獎，第二、三、四屆中國出版政府獎期刊獎等榮譽。高端綜述性學術期刊《國家科學評論》（NationalScienceReview）最新影響因子（2018）達13.222，在全球多學科綜合類期刊中排名第三。

公司積極響應中央文化“走出去”戰略部署，與20多個國家和地區的200多家出版公司建立了長期的良好合作關系,并在設立美國、日本全資子公司的基礎上，于2019年完成了對法國EDPSciences100%股權的收購，完善了全球業務布局。近年來，每年輸出圖書版權均位居科技出版社之首，先后榮獲全國版權輸出先進單位、2008中國版權最具影響力企業、2015年全國版權示范單位等稱號，并且連續多年被商務部、宣傳部、財政部、文化部、廣電總局等五部委聯合評為“國家文化出口重點企業”。

在出版業數字化轉型的浪潮中，公司大膽創新，明確了從傳統出版向知識服務轉型發展的戰略路徑，確立了專業學科知識庫、醫療健康大數據、數字教育云服務等業務創新轉型的方向，并先后推出了“科學文庫”、“CourseGate教育云平臺”、“SCIPMED中科醫學資源庫”、“SciEngine中國科技期刊國際傳播平臺”等多款知識服務產品。其中，“SciEngine平臺”入選“全國報刊媒體融合創新30佳”榜單，“科學文庫”榮獲“第二屆中國出版政府獎音像電子網絡獎”。2015年，國家新聞出版廣電總局還授予公司“專業數字內容資源知識服務模式試點單位”稱號。