摘要：采用RAD-seq(Restriction-site associated DNA sequencing)對(duì)印尼虎魚(yú)(Datnioides pulcher)進(jìn)行簡(jiǎn)化基因組測(cè)序,獲得13308 806個(gè)高質(zhì)量干凈讀長(zhǎng)(HQ clean reads),利用SSR搜索軟件在所得序列中共檢測(cè)到26359個(gè)SSR位點(diǎn),由496種重復(fù)基序組成,主要分布在三、四、五堿基重復(fù)類型中,單堿基重復(fù)序列中最多的類型為A/T,二堿基重復(fù)序列中以AC/GT和AG/GT重復(fù)單元為主,三堿基重復(fù)序列中以AGG/CCT、AGC/CTG、AGG/CCT為優(yōu)勢(shì)類型;在數(shù)量上,二堿基重復(fù)類型SSR位點(diǎn)最多(19492個(gè)),占總SSR位點(diǎn)的73.95%;除了單核苷酸類型外,SSR基序的重復(fù)次數(shù)主要集中在4-9之間,多態(tài)性SSR數(shù)目為2 783個(gè)。根據(jù)SSR位點(diǎn)兩翼序列,利用Primer5.0成功設(shè)計(jì)出20 066對(duì)SSR引物,引物設(shè)計(jì)成功率為76.13%,依據(jù)測(cè)序數(shù)據(jù)中的重復(fù)類型和重復(fù)數(shù),隨機(jī)選擇100個(gè)二至五堿基重復(fù)類型SSR在6個(gè)虎魚(yú)樣本中驗(yàn)證其可用性和多態(tài)性,有73對(duì)引物通過(guò)擴(kuò)增可獲得有效目的片段,其中20個(gè)SSR驗(yàn)證為具有多態(tài)性。開(kāi)發(fā)所得SSR序列可用于印尼虎魚(yú)及其近緣物種遺傳分析、遺傳圖譜構(gòu)建以及分子標(biāo)記輔助育種等工作,同時(shí)也證實(shí)了利用簡(jiǎn)化基因組測(cè)序技術(shù)開(kāi)發(fā)SSR標(biāo)記和發(fā)現(xiàn)樣品間具有多態(tài)性的SSR標(biāo)記的可能性。